Втората част от историята на Наруто

 Завръщайки се в селото след обучението си, мистериозна организация наречена Акатсуки се опитва да залови деветте могъщи опашати зверове, запечатани в нинджи от различни страни, включително и Деветоопашатата лисица в Наруто. Няколко нинджи от Коноха, включително и Отбор 7 се борят срещу членовете на Акацуки и търсят Саске. Въпреки че успяват да спасят Гаара – приемникът на Едноопашатият Демон, Акацки залавят седем от зверовете. През това време, Саске предава Орочимару и се изправя срещу Итачи, за да изпълни отмъщението си. След като Итачи умира Naruto Costumes

 в битката, Мадара Учиха – задкулисният и истински лидер на Акацуки, казва на Саске, че първенците на Коноха са заповядали на Итачи да избие клана си. Разярен от това разкритие, Саске се присъединява към Акатски, за да унищожи Коноха. Междувременно, след като няколко от членовете на Акатски са победени от нинджите на Коноха, официалният им лидер Пейн, нахлува в селото, в опит да залови Наруто. Въпреки това, Наруто го побеждава и го убеждава да напусне организацията.

  Мадара известява официално, по време на среща на петте Каге – водачи на петте села нинджи, в основата на военната мощ на петте най-силни страни, че иска да залови демоните, за да създаде толкова силна илюзия, че да може да контролира цялото човечество, с цел да бъде наложен траен мир. Тези села отказват да му помогнат, понеже осъзнават, че това на практика означава премахване на техния свят – светът на шинобите, и се обединяват срещу него обявявайки началото на Четвъртата Велика Нинджа война.

  Наруто отива на островът на костенурката с цел – да се обучава с Килър Бии. Там той взима под свой контрол Кюби, за което му помага майка му (Кушина) и така Наруто разбира истината за живота на родителите си. Кисаме от Акацуки ги напада и вижда къде крият останалите опашати Naruto Costumes

 зверове – Кюби и Хачиби. Наруто, активирайки Мъдрец формата и опитвайки да излезне от това място, вижда, че неговите приятели се бият на живот и смърт, за да го предпазят и открива войната между хората, и избягва с Хачиби, за да я прекратят.